1.电子数据取证的程序不规范
尽管电子数据已经取得合法地位，但实际操作却不太理想，在一些法律法规之间存在冲突。如《规定》第1条第1款规定：“电子数据是案件发生过程中形成的，以数字化形式存储、处理、传输的，能够证明案件事实的数据。”与《刑事诉讼法》第48条第1款规定：“可以用于证明案件事实的材料，都是证据。”两个条文关于对电子数据的形成时间的限定就有较大的冲突。在司法实践中使用电子数据的频率越来越高，对电子数据形成的时间认识不同，案件的处理也就不同，如果没有处理好这个问题，会使电子数据在实践中虚有其表。还有在《规定》第15条中只是规定见证人符合条件就可以了，但没有规定见证人是否具备相应的专业知识，电子取证不同于传统的取证方式，其需要具备专业的技术才能完成，一般的公民根本不了解具体的操作，这就失去去了见证人的意义了。
2.电子数据取证中侵犯公民隐私权
在电子数据取证过程中，取证人员对电子数据提取和扣押时会进入相关人员的私人空间。这样难免会收集到许多与案件无关的私人信息或商业秘密。如果在收集证据时，侦查人员缺乏保障公民合法权益的意识，有意无意地向无关人员泄露与案件无关的信息，则容易侵害公民的隐私权，影响电子数据的证据能力。在互联网高度发达的今天，人们生活的点点滴滴都离不开它，但是，人们只是使用它并不了解它。普通人对互联网的理解就是其具有虚拟性和隐蔽性，不会留下自己足迹，但精通互联网技术的人借助一些工具就可以悄悄监控你，你只要使用网络就会被发现。而取证人员拥有专业的知识和先进的工具，可以在涉案人员不知情的情况下侵入其私人空间，并且实时监控对方的行为。[10]所以取证人员很可能会外泄一些有价值的个人信息，造成涉案人员在不知情的情况下隐私权受到严重侵犯。
社会是联系和发展的，每个人都不是孤立存在社会之中，我们使用权利必须在法律的框架下进行，每个人都是权利和义务的主体，无论是行使权利还是承担义务，都不能超出法律规定的范围，超出了法律规定必然要受到约束。隐私权是受到法律的保护，但必要的时候隐私权应当受到被限制。电子数据包含复杂而庞大量的信息，可能涉及到多数人的隐私，因而对隐私权进行适当限制有利于侦破案件，维护公权力。在取证过程中，侦查机关侵入公民私人领域不一定违反法律。所以，电子数据取证中对个人隐私进行适当限制有利于司法公正，让公权力和私权利都得到保护。
权利和义务是相对的，没有绝对的权利，隐私权也不例外，公民行使隐私权也要在法律范围内行使。保护隐私但不得侵犯他人合法权益。法律保护公民权利的同时也要求公民履行相应的义务，就电子取证与隐私权保护的关系而言，公民要想自己的权利得到保护就必须让渡一些权利，但是是有限的让渡。因此法律会允许电子取证在一定程度上侵犯公民隐私权，但同时也会限制侦查机关的行为，对公民的隐私权进行有效的保护。在面对严重社会危害性的犯罪时，法律维护大多数人的权益。刑事侦查活动只是对犯罪原貌最大程度的再现，当犯罪嫌疑人为了使逃避法律制裁，就会采取各种方式来隐藏证据，而案件的侦破必须依靠证据，但在司法实践中，这些证据通常被在犯罪嫌疑人、证人、被害人，甚至与案件无关的第三方掌握，要想获取证据就必须采用侦查手段，法律是保护公民的合法权利的，这就要求侦查机关在侦查活动中坚持比例原则，在破案的前提下，最大限度的保护公民隐私权。
“合法的强制向来只是转瞬即逝的成功因素,而被强制的人们将随机产生权利的概念。”[11]无论是国内还是国外，隐私权都是法律界的重要的研究领域，尤其在互联网技术蓬勃发展的今天，个人隐私越来越受到人们的关注。电子数据取证中对隐私权进行合理保护的必要性主要表现在：
首先，国家公权力具有扩张性，国家权力机关对公民私权利不断蚕食，公民的合法权利难以被保护。中国正处在社会转型时期，曾经促进经济发展的优势成为了发展的负担，社会发展的不平衡与各种利益的冲突导致刑事案件频频发生，社会和谐与稳定面临巨大的挑战。因此，侦查机关在巨大的破案压力下，难免会采取一些非常手段来保障破案效率，这就容易侵犯到公民的合法权利，让保障人权的要求难以得到满足。
其次，因为电子数据具有多样性和脆弱性特征，所以在收集和提取电子数据时采用相关技术手段。侦查机关运用电子取证的技术很容易侵入到公民的隐私权空间，每个人隐私权都可能受到损害。如果没有详细的法律条文对取证程序进行规范，就会降低电子数据的证据能力和侵犯案外人的隐私。如果侦查人员所获取的电子数据是以侵害公民隐私为前提，那么收集到的电子数据就不能作为证据被采用。
最后，自由是人类不断追求的最高理想，人类的历史就是不断追求自由的历史，在两千多年前希腊神话就把对自由的向往写入史册。伊甸园里的亚当和夏娃为自由偷吃苹果,普罗米修斯盗取火种，把自由之光带给人类,普照大地。对于犯罪嫌疑人，即使他自己都承认是犯罪行为的实施者，而侦查机关也有证据证明，但从公民的角度来说，他的法定权利仍应当受到尊重，假使法院最终判定犯罪嫌疑人有罪，他的合法权利依然受到法律的保护。每个人都享有我们作为人的最基本的权利从来没有贵贱优劣之分，在任何时候受制裁者的基本人权都不应当被随意侵犯。
目前我国法律对公民隐私保护力度不足，间接导致电子数据取证中对公民隐私的保护不足。我国司法界对刑事案件中隐私权保护这一难题的探索较少，在刑事诉讼过程中，虽然越来越重视对犯罪嫌疑人的人权保障，但是对犯罪嫌疑人隐私权的保护的力度明显还不够，这就使得侦查机关在侦查过程中侵犯公民隐私权现象频频发生。在我国无论是立法上还是实践中，电子数据取证并未重视公民隐私方面的保护。
1.电子证据的法律制度不完善
我国刑事诉讼法和相关的司法解释对传统证据的取证收集，已经有了较为详细的规定，但并没有对电子证据做出专门规定。虽然出台的一些规范性文件为电子取证提供了法律依据。但这些规范性文件的法律效力还不足以支撑电子取证程序的正常运行，对实务中侦查人员利用电子取证手段取证时遇到的问题也是有心无力。加之规范文件本身并不完整，缺乏系统性，难以跟上电子取证技术的发展，如《规定》中第四条规定：“电子数据涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私的，应当保密。”但对于如何保护这些信息，以及在公民隐私受到侵害时公民如何进行救济没有做出规定。还有现在很多网络平台在提供服务时都会要求用户上传个人信息，这些个人信息司法机关在非涉案情况下应当也给予保密，但是也没有做出规定，这可能会导致侦查机关在对网络平台取证时侵害到公民的个人信息。针对这个问题，笔者认为应当借鉴国外成功的立法经验，结合我国的实际情况，建立符合我国国情的电子证据取证制度。完善的电子证据法律制度既能让电子取证即高效又规范，又能防止侦查机关滥用侦查权利，保护公民的基本权利。
2.取证人员专业技能较差，取证技术薄弱
电子证据取证缺乏统一的标准和规范，取证工作缺乏详细的操作规定，电子取证需要专业人员操作，随着互联网的发展，需要电子取证的案件越来越多，而侦查机关大部分取证人员专业技能较差，只有少量取证人员具备电子取证技能，而且我国侦查机关使用的取证技术也比较落后，达不到法律要求。这导致多数案件中侦查机关取得的电子数据证据证明力差或者直接丧失去了证据能力。当然现在出现一些专业的调查取证机构，侦查机关在需要时可以借助这些机构的力量，但这些专门机构资质没有相关机构的认定，也没有相关法律制度统一行业标准，取证的可靠性无法保证。侦查机关没有充足的电子取证人才又没有先进的取证技术，非常容易在取证是对公民隐私造成侵害。
